Étant donné l'abondance des cours d'eau et de marécages et d'étangs, les carpinchos ou capybaras abondent dans la région mésopotamienne, ainsi d'ailleurs que les tapirs, les pseudo-loutres ragondins appelées quillá dans le nord et coypú ou coipo dans le sud de la région.

Parfaitement adaptés à la forêt dense et humide de la région, on trouve une série de mammifères de petite taille comme les coatis, les agoutis, les pacas et les tamanduas.

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La fréquence des caimans grands amateurs d'eau et de chaleur est aussi plus élevée. Il y en a de deux espèces, le caiman dit overo (caïman à museau large ou caiman latirostris) et le jacara ou yacaré negro, à ne pas confondre avec le caïman noir de l'Amazonie, qui par ailleurs ne fait pas partie du genre caïman, mais bien du genre melanosuchus.