Les reptiles abondent d'une manière générale surtout au nord. Les anacondas sont loin d'être rares. La province de Misiones héberge pas moins de six espèces de très dangereux bothrops à savoir le bothrops jararaca, le bothrops jararacussu, le yarará grande, le yarará chica, le bothrops cotiara et le bothrops moojeni. Notons aussi quatre serpents corail du genre micrurus ; le microcurus corallinus, l'allirostris, le frontalis mesopotamicus et le balyocoryphus.

Les loups à crinière ou aguara-guazús, et les cerfs des marais ne sont pas rares, mais le guanaco est quasi inexistant. Bien que terriblement en danger et en voie d'extinction à cause d'une chasse indiscriminée, on trouve encore dans les cours d'eau et les zones humides (humedals) la loutre géante ou ariray (l' ariray est probablement le même animal qui était connu auparavant sous le nom de yaguaruí; ce qui est certain c'est que cette grande loutre a été presque complètement exterminée tout au long du XXe siècle).

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